Самцы и самки лесных видов рукокрылых живут совместно только в период спаривания и на зимовках. В остальное время - раздельно, используя разные убежища. Самцы в летний период живут поодиночке, либо образуя небольшие колонии.

Весной и ранним летом самки образуют материнские колонии численностью до нескольких сотен, в которых ориентировочно с июня начинают рождаться детёныши. Самка обычно рожает одного, реже двух детёнышей. Детёныши кормятся молоком в течение 4 недель по несколько раз за ночь. В возрасте 2-3 недель начинают учиться летать. Мать очень привязана к своему детёнышу и может различить его писк среди тысяч других.

Конец лета и первые месяцы осени - сезон спаривания у летучих мышей. Самцы издают особые сигналы, привлекающие самок. После спаривания сперма сохраняется в половых путях самок. Созревание яйцеклетки, овуляция, оплодотворение и эмбриональное развитие начинаются только ранней весной после зимовки.

С середины лета летучие мыши начинают запасать жировую ткань для последующей зимовки. В конце осени они ищут зимовочное убежище, которое должно быть безопасным, тёмным, влажным и холодным, но не должно промерзать. Некоторые виды (например, нетопырей и вечерниц) совершают дальние миграции к местам зимовки в странах с мягким климатом. Перезимовав, рукокрылые возвращаются в свои летние убежища.